Antico insediamento monastico, san Giovanni in Monte vede rifondata più volte la propria struttura ad opera dei padri Lateranensi, e assume l’attuale configurazione nel 1543, per mano dell’architetto bolognese Antonio Morandi detto il Terribilia.

L’occupazione francese ne muta radicalmente la funzione e dal 1797 il complesso viene adibito a carcere e tribunale, e tale rimane sino alla sua acquisizione da parte dell’Università.

Il materiale fotografico conservato (oltre 1700 immagini provengono da Vincenzo Musumeci che ha seguito per l'Università i lavori di recupero di questo edificio, nonché del complesso Santa Lucia-Collegio San Luigi) documenta la più recente opera di restauro, svolta tra il 1990 e il 1996. E’ in questa data che, in virtù del progetto universitario Acropoli, l’edificio diviene sede di alcuni dipartimenti universitari dell’area storico-archeologica.

Particolare rilevanza, anche per l’entità del materiale, assume il restauro dell’affresco di Bartolomeo Cesi, che trova adeguato riscontro nel testo Bartolomeo Cesi e l'affresco dei Canonici lateranensi, a cura di Vera Fortunati e Vincenzo Musumeci, Fiesole, Nardini, [1997]